医学习惯于约定俗成的分类，将疾病分为器质性疾病和功能性疾病。前者与实际损害有关：例如，由细菌或病毒感染引起的肠胃炎，这种细菌或病毒在肠道内沉积，导致腹泻。另一方面，功能性疾病尽管有时会出现强烈的症状，但其特点是没有可记录的病变：腹泻，指的是刚才假设的情况（但类似的考虑也适用于截然相反的情况，便秘），是由无法明确识别或量化的因素（如特定的情绪状态）引发或维持的。
胃肠功能紊乱
那么什么是功能性胃肠病呢？功能性胃肠紊乱可定义为一系列反复出现或慢性的症状，这些症状因年龄而异，与潜在疾病无关。在婴儿出生后的头两年，这些症状可能是生理性的，即正常发育的表现，如婴儿反胃；也可能是对内部或外部刺激的异常行为反应所致，如排便疼痛引起的功能性便秘。
因此，功能性胃肠病的根源在于生理、心理和社会文化因素，这些因素放大了对症状的感知，这些症状被认为是严重的、致残的和对日常活动造成重大影响的负担。除上述症状外，功能性紊乱的例子还有：幼儿期的肠绞痛、周期性呕吐综合征和排便困难（排便时疼痛），学龄前、学龄期和青春期的腹部偏头痛、功能性消化不良和肠易激综合征。
诊断和治疗
还必须强调另外两个因素：首先，没有诊断指标。换句话说，没有实验室检测或诊断基准，因此诊断要以尽可能客观的症状为基础。其次，治疗不能仅限于药物治疗，还需要考虑遗传和环境因素（家庭影响、重要情感事件、感染等），这些因素可能会影响儿童的社会心理发展，导致其更容易受到压力或肠道功能障碍（运动能力改变、免疫系统改变或内脏过敏）的影响。举例来说，如果儿童患有功能性腹泻，那么治疗方法就不应该是药物治疗，而应该是饮食治疗，尤其是针对儿童及其家人的行为治疗。
简而言之，当前的观点认为，每一种肠道疾病都不应该被贴上 “儿童为逃避具有挑战性的测试而编造的借口 “这一平庸的标签，而应该从有机领域与环境之间的相互作用所产生的更复杂影响的逻辑中进行解读。
