E’ importante fare una distinzione tra quelle stomatomucositi riconducibili a fattori eziologici locali e stomatomucositi che rappresentano la manifestazione locale di malattie sistemiche di ordine generale di tipo infettivo (morbillo, varicella, difterite, tifo, AIDS), di tipo dismetabolico (diabete,uremia), di tipo disormonale (gravidanza, ciclo mestruale), di tipo carenziale (ipo e avitaminosi) e di malattie del sangue (leucemie, emofilia).
In questo articolo tratteremo solo quelle a manifestazione più comune che implicano disturbi più leggeri, tralasciando le stomatomucositi più gravi e più evidenti, di pertinenza decisamente più clinica.